Όπως σημειώνεται σε σχετική ανακοίνωση της Μητρόπολης Μεσσηνίας, «την παραίτησή του υπέβαλε σήμερα, 13-2-2012, στην Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος, ο Σεβ. Μητροπολίτης Μεσσηνίας κ. Χρυσόστομος, από κάθε θέση – μέλους των Μονίμων και Ειδικών Συνοδικών Επιτροπών (Νομοκανονικών και Δογματικών Ζητημάτων, Διορθοδόξων και Διαχριστιανικών Σχέσεων, και Παρακολουθήσεως Ευρωπαϊκών Θεμάτων), καθώς επίσης και από του Εκπροσώπου της Εκκλησίας της Ελλάδος στον επίσημο Θεολογικό Διάλογο, στο Forum των Ευρωπαϊκών Εκκλησιών και στο Παγκόσμιο Συμβούλιο Εκκλησιών».
Σύμφωνα με το ηλεκτρονικό πρακτορείο εκκλησιαστικών ειδήσεων «Αμήν», «ο Μητροπολίτης οδηγήθηκε στην απόφαση αυτή, επειδή, όπως χαρακτηριστικά αναφέρει στο κείμενο της παραίτησής του: "Η ιδιοτέλεια και η σκοπιμότητα τείνουν να χαρακτηρίσουν τον εκκλησιαστικό τρόπο του ζην και η ανωριμότητα και η μετριότητα κατέστησαν κριτήρια λειτουργίας των εκκλησιαστικών θεσμών".
Τέλος, εκφράζει την ελπίδα, οι αντικαταστάτες του να συμβάλλουν καλύτερα, ουσιαστικότερα και περισσότερο αξιόπιστα το έργο των ως άνω Επιτροπών και Διαλόγων».
