Επιπλέον, η Διεύθυνση Πολεοδομίας απορρίπτει ενστάσεις που αφορούν φερόμενες ιδιοκτησίες σε τμήματα των οποίων έχουν οριοθετηθεί ρέματα. Όπως υποστηρίζει, η οριοθέτηση των ρεμάτων έχει επικυρωθεί με την απόφαση του γραμματέα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης (34917/1121 ΦΕΚ 463Δ/6 Οκτωβρίου 2014). Ωστόσο το Συμβούλιο της Επικρατείας τονίζει ότι η οριοθέτηση ρεμάτων σε περιοχές που χρήζουν ιδιαίτερης προστασίας, όπως οι παραλιακοί οικισμοί, δηλαδή και η Παραλία Βέργας, γίνεται μόνο με απόφαση του Προέδρου της Δημοκρατίας και όχι με απόφαση του γραμματέα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης: «η οριοθέτηση υδατορρευμάτων, τα οποία ευρίσκονται σε οικισμούς ή περιοχές (εντός ή εκτός σχεδίου), που, λόγω του χαρακτήρα τους, χρήζουν ιδιαίτερης προστασίας, όπως είναι οι αρχαιολογικοί χώροι, τα αρχιτεκτονικά ή παραδοσιακά σύνολα, οι παραδοσιακοί οικισμοί, οι παραλιακές περιοχές ή οικισμοί, οι τουριστικοί τόποι, τα δάση και οι δασικές εκτάσεις, τα τοπία ιδιαιτέρου φυσικού κάλλους, τα ευαίσθητα οικοσυστήματα, οι περιοχές ιδιαιτέρου περιβαλλοντικού ενδιαφέροντος, οι περιοχές που υπάγονται σε ειδικό καθεστώς προστασίας κ.λπ., δεν μπορεί να θεωρηθή (…) ως ειδικώτερο θέμα ούτε ως θέμα τοπικού μόνον ενδιαφέροντος ή τεχνικού ή λεπτομερειακού χαρακτήρα, διότι αναφέρεται σε οικισμούς και περιοχές που έχουν γενικώτερη σημασία για την Χώρα. Ως εκ τούτου, η επικύρωση της οριοθετήσεως ρευμάτων, τα οποία ευρίσκονται στις ως άνω περιοχές, δεν επιτρέπεται να ανατεθή σε άλλο, πλην του Προέδρου της Δημοκρατίας, όργανο της εκτελεστικής εξουσίας» (απόφαση ΣΤΕ 29572006).
Συνολικά, σημειώνει η Διεύθυνση Πολεοδομίας, κατατέθηκαν 179 ενστάσεις, εκ των οποίων οι 125 αφορούν το ιδιοκτησιακό καθεστώς και θα εξεταστούν κατά τη διαδικασία σύνταξης της Πράξης Εφαρμογής.
Ορισμένες ενστάσεις αφορούν τη ρυμοτόμηση κτιρίων και η Διεύθυνση Πολεοδομίας τονίζει ότι αντιμετωπίστηκαν με μεγάλη προσοχή ώστε να αποφευχθεί, «όπου ήταν δυνατόν», η ρυμοτόμηση. Σημειώνει επίσης ότι βασικό κριτήριο στην αξιολόγηση των συγκεκριμένων ενστάσεων ήταν «το μέγεθος και η κατάσταση του κτιρίου και βέβαια οι ιδιαίτερες συνθήκες της κάθε περίπτωσης».
Στ.Μ.