Η κριτική που άσκησε ο Ιωάννης στον Ηρώδη επιβεβαιώνεται και από τις τέσσερις πηγές, άρα, θεωρείται ιστορικά αποδεκτή. Ο Ηρώδης Αντίπας (γιος του Ηρώδη του Μεγάλου) είχε κληρονομήσει ένα μέρος από τη μεγάλη επικράτεια του πατέρα του, που περιλάμβανε τη Γαλιλαία και την Περαία και έφερε τον τίτλο του τετράρχη (ενώ ο αδελφός του Ηρώδης Β’ ήταν πρίγκιπας της Ιουδαίας, που βρισκόταν υπό Ρωμαϊκό έλεγχο). Αυτό για το οποίο ο Ιωάννης επέκρινε τον Ηρώδη ήταν ότι είχε χωρίσει την πρώτη σύζυγό του (κόρη του βασιλιά της Αραβίας Αρέθα) και συζούσε με τη γυναίκα του αδελφού του Ηρωδιάδα (κάτι το οποίο απαγορευόταν από τους Ιουδαϊκούς  νόμους). Σύμφωνα με τα ευαγγέλια, ο Ηρώδης αναγκάστηκε να διατάξει την εκτέλεση του Ιωάννη πιεζόμενος από την Ηρωδιάδα, αν και ο ίδιος συμπαθούσε τον Βαπτιστή και ανεχόταν την κριτική του. Ο Ιώσηπος όμως αποδίδει βαθύτερα κίνητρα στην απόφαση του Ηρώδη, που συνδέονται με την κοινωνική αναστάτωση που είχε προκληθεί από το κήρυγμα του Ιωάννη και τον πολλαπλασιασμό των οπαδών του. Σαν καλός εξουσιαστής, ο Ηρώδης προέβη στη σύλληψη και εκτέλεση του Βαπτιστή για να καταστείλει μια και καλή το «κίνημά» του και να καθησυχάσει τη Ρωμαϊκή αρχή, που δεν έβλεπε με καλό μάτι κάθε μορφή διαμαρτυρίας.

Τα πράγματα όμως ήταν πολύ χειρότερα απ’ ότι περιγράφονται στις πηγές μας. Η Ηρωδιάδα ήταν ετεροθαλής ανιψιά του Ηρώδη Αντίπα, αφού ήταν κόρη του δολοφονημένου αδελφού του, Ηρώδη Αριστόβουλου. Την εποχή που γνώρισε τον Ηρώδη Αντίπα, ήταν παντρεμένη με τον ετεροθαλή αδελφό του και θείο της Ηρώδη Φίλιππο, πρίγκιπα της Ιουδαίας. Για να μπορέσουν να παντρευτούν, η Ηρωδιάδα χώρισε τον σύζυγό της και ο Ηρώδης Αντίπας τη δική του σύζυγο Φασηιλίδα, κόρη του βασιλιά Αρέτα Δ’ των Ναβαταίων (σε μια περιοχή που έφτανε στη Δαμασκό), γεγονός που προκάλεσε μεγάλη κρίση μεταξύ του Ηρώδη Αντίπα και του Αρέτα Δ΄ αλλά και έντονη αποδοκιμασία του κόσμου. Η κρίση αυτή εξελίχθηκε τελικά σε πόλεμο, που ξεκίνησε με την εισβολή των Ναβαταίων στην επικράτεια του Ηρώδη Αντίπα, μια εξέλιξη που θεωρήθηκε από τον λαό ως θεία δίκη για τον θάνατο του Ιωάννη. Ο Ηρώδης Αντίπας ζήτησε τότε τη βοήθεια της Ρώμης στο πρόσωπο του έπαρχου της Συρίας Βιτέλιου, ο οποίος ανέλαβε επιθετικές επιχειρήσεις εναντίον των Ναβαταίων, που διήρκεσαν μέχρι το θάνατο του αυτοκράτορα Τιβέριου. Επομένως η δριμεία κριτική του Ιωάννη δεν αποτελούσε μια απλή ενόχληση για τον Ηρώδη Αντίπα αλλά πρέπει να δημιουργούσε μεγάλο εμπόδιο στα πολιτικά σχέδιά του.

Ερωτηματικά δημιουργεί επίσης και η σκιαγράφηση του Ηρώδη Αντίπα από τους συγγραφείς των ευαγγελίων ως ανεκτικού απέναντι στον Ιωάννη και την αυστηρή κριτική του. Βάσει των ιστορικών μαρτυριών όμως ο Ηρώδης Αντίπας φέρεται ως ένας ιδιόμορφος ηγεμόνας, με χαρακτήρα πονηρό και φιλόδοξο, που είχε ως μόνιμη επιδίωξή να αποκτήσει τον βασιλικό τίτλο, αφού ήταν, όπως προελέχθη, ένας απλός τετράρχης στην υπηρεσία της παντοδύναμης Ρώμης. Για το σκοπό αυτό, θα μετέβαινε αργότερα στη Ρώμη για να συνεργαστεί με τον αδελφό της Ηρωδιάδας, Ηρώδη Αγρίπα, ένα άστατο, ακόλαστο και σπάταλο νεαρό, που είχε πρόσβαση στο διαβόητο αυτοκράτορα Καλιγούλα. Οι φιλοδοξίες του όμως θα τερματίζονταν σύντομα, όταν ο Καλιγούλας θα τον κατηγορούσε για αναθεωρητισμό (ότι ήθελε να ανασυστήσει το βασίλειο του πατέρα του) και θα τον εξόριζε στη Γαλατία μαζί με την παράνομη σύζυγό του. Μέσα σε αυτή τη διαδοχή των γεγονότων, η παρουσία του Ιωάννη (ενός απλού ερημίτη στην έρημο του Ιορδάνη) πρέπει να φάνταζε ως μια ενοχλητική παρένθεση που έπρεπε να κλείσει σύντομα και οριστικά. Η απόφαση για την εκτέλεσή του δεν θα έπρεπε λοιπόν να καθυστερήσει ούτε να φανεί ως αποτέλεσμα πίεσης από μια γυναίκα, έστω και αν αυτή ήταν η Ηρωδιάδα.

Άλλος προβληματισμός γεννιέται γύρω από τη σκηνή της υπόσχεσης που φέρεται ότι δίνει ο Ηρώδης Αντίπας στη Σαλώμη, που έχει μόλις τελειώσει τον αισθησιακό χορό της, ότι είναι πρόθυμος να εκτελέσει κάθε επιθυμία της μέχρι και την παραχώρηση του μισού βασιλείου του.

Όπως όμως προελέχθη, ο Ηρώδης ήταν μόνο ένας τετράρχης στην υπηρεσία της Ρώμης και δεν είχε το δικαίωμα να παραχωρήσει ούτε μια σπιθαμή εδάφους σε κανέναν ευνοούμενό του, πόσο μάλλον σε μια νεαρή χορεύτρια! (έστω και αν αυτή ήταν η κόρη της συντρόφου του). Κάποιοι ιστορικοί της Βίβλου θεωρούν ότι η σκηνή αυτή πιθανόν να προήλθε κατά μίμηση της ιστορίας της Εσθήρ (από το ομώνυμο βιβλίο της Παλαιάς Διαθήκης). Σύμφωνα με την ιστορία αυτή, η Εσθήρ, μια απλή εβραιοπούλα στην υπηρεσία του Πέρση βασιλιά Ασσουήρου, καταφέρνει να τον γοητεύσει και να της υποσχεθεί «μέχρι και το μισό βασίλειό του». Η Εσθήρ ακολούθησε μια παρόμοια μέθοδο με τη Σαλώμη, προσκαλώντας πρώτα τον Πέρση βασιλιά σε δείπνο και καταφέρνοντας έτσι να τον πείσει να αναβάλει την απόφασή του να εξοντώσει τους συμπατριώτες της. Επίσης ο βασιλιάς εκθρόνισε στα Σούσα τη νόμιμη σύζυγό του Αστίν και τοποθέτησε στη θέση της την όμορφη Εσθήρ που τον μάγεψε με το παρουσιαστικό και τους τρόπους της.

Θα μπορούσαν όμως και άλλες σκηνές πριν την εκτέλεση του Ιωάννη να (μην) έχουν γίνει όπως περιγράφονται στα ευαγγέλια; Η πιο τραγική από αυτές είναι προφανώς η εμφάνιση της κεφαλής του Ιωάννη «επί πίνακι» (σε πιάτο) μετά την αποκεφάλισή του, που μεταφέρεται από την κόρη στη μητέρα και στη συνέχεια στον έντρομο (υποτίθεται) Ηρώδη. Σύμφωνα όμως με τον Ιώσηπο, μετά τη σύλληψή του, ο Ιωάννης φυλακίστηκε στο κάστρο-φρούριο της Μαχαιρούντος, που βρίσκεται ανατολικά της Νεκράς Θάλασσας, στη σημερινή Ιορδανία. Πέραν του ότι η λέξη Μαχαιρούς συνδέεται με τη μάχαιρα (με την οποία εκτελούνταν τα θύματα), λέγεται ότι το φρούριο ονομάστηκε έτσι λόγω της απόκρημνης («κοφτερής») γεωγραφικής του θέσης, που έμοιαζε με λεπίδα. Όπως και να έχει, ένα τέτοιο μέρος καταδίκης που βρισκόταν σε απομονωμένο μέρος (στην κορυφή ενός λόφου), πολύ μακριά από το παλάτι του Ηρώδη, δεν θα μπορούσε να φιλοξενήσει τα γενέθλια του μονάρχη. Είναι γνωστό από τις ιστορικές πηγές ότι ο Ηρώδης Αντίπας κατοικούσε στη νέα πρωτεύουσα της επικράτειάς του, την Τιβεριάδα (που είχε ανοικοδομήσει προς τιμήν του αυτοκράτορα Τιβέριου) και η οποία βρισκόταν στη δυτική όχθη της θάλασσας της Γαλιλαίας, που απείχε ταξίδι δύο ημερών από τη Μαχαιρούντα με τα μέσα της εποχής.

Κάτι ακόμα που έχει προσεχθεί από τους ειδικούς είναι η κολακευτική περιγραφή του Ηρώδη στα ευαγγελικά κείμενα (όχι βέβαια για την παράνομη σχέση του αλλά για το θαυμασμό του για τον Ιωάννη) και η οποία θυμίζει την εξίσου θετική περιγραφή του Ρωμαίου διοικητή της Ιουδαίας Πόντιου Πιλάτου απέναντι στον Ιησού. Όπως και στην περίπτωση του Ηρώδη, ο Πιλάτος σκιαγραφείται ως αρκετά ανεκτικός (αν όχι φιλικός) προς τον Ιησού κατά τη διάρκεια της κράτησής του που οδήγησε στη σταύρωσή του. Σύμφωνα όμως με αξιόπιστες ιστορικές πηγές της εποχής (όπως ο Ιώσηπος και ο Τάκιτος), ο Πιλάτος φέρεται ότι διακυβέρνησε με μεγάλη σκληρότητα την επαρχία του προβαίνοντας σε ωμότητες και βιαιοπραγίες, που οδήγησαν τελικά τον αυτοκράτορα Καλιγούλα να τον ανακαλέσει στη Ρώμη. Η ανάκληση αυτή θεωρήθηκε ατιμωτική, με αποτέλεσμα ο Πιλάτος να αυτοκτονήσει. Μήπως λοιπόν και στην περίπτωση του Ηρώδη επιχειρήθηκε μια εξιδανίκευσή του με σκοπό την εξασφάλιση ευνοϊκής μεταχείρισης της χριστιανικής κοινότητας εκ μέρους της Ρωμαϊκής διοίκησης; Αν και οριστική απάντηση σε αυτά τα ερωτήματα δεν μπορεί να δοθεί, το περιστατικό της αποκεφάλισης του Ιωάννη θα συνεχίσει να αποτελεί και να εμπνέει την παγκόσμια διανόηση και τέχνη, όπως μέχρι σήμερα.