Το περιστατικό παραδίδεται και από τα τέσσερα «κανονικά» ευαγγέλια (Μάρκου, Ματθαίου, Λουκά και Ιωάννη) αλλά με αρκετά διαφορετικό τρόπο, κάτι που έχει επισημανθεί από παλιότερους ερμηνευτές και συνεχίζει να απασχολεί τη σύγχρονη έρευνα. Οι διαφορές δημιουργούν αρκετά και κρίσιμα ερωτήματα όπως: ποιος τελικά βάπτισε τον Ιησού – ο Ιωάννης ο Πρόδρομος ή ο ίδιος ο Ιησούς· ήταν ή όχι ο Πρόδρομος συγγενής του (κάτι που δημιουργεί άλλους συνειρμούς)· τι ακριβώς είπε η ουράνια φωνή και ποιος άλλος την άκουσε εκτός από τον Ιησού· πόσοι είδαν το περιστέρι να κατεβαίνει από τον ουρανό;

Ας τα πάρουμε όλα με τη σειρά αρχίζοντας από το συμβολισμό του βαπτίσματος στην εβραϊκή παράδοση (στην οποία γεννήθηκε και μεγάλωσε ο Ιησούς). Το βάπτισμα ήταν μιας συνήθης πρακτική για τους Εβραίους, όχι όμως με τον τρόπο και το περιεχόμενο που της έδωσε ο Πρόδρομος (ή έστω οι συγγραφείς των ευαγγελίων). Συνδέεται με τον εξαγνιστικό ρόλο του νερού, όπως αποτυπώνεται σε διάφορα βιβλικά επεισόδια, όπως τον Κατακλυσμό του Νώε (που συμβολίζει τη δημιουργία ενός νέου κόσμου), τη διάβαση της Ερυθράς Θάλασσας (που συμβολίζει τη διάσωση του λαού του Θεού) κ.ά.

Το βάπτισμα κατέστη μια σημαντική τελετουργία για τους Εβραίους, ιδίως μετά τη Βαβυλωνιακή Αιχμαλωσία (6^ος αι. π.Χ.), που αρχικά συμβόλιζε τον εξαγνισμό της καρδιάς αλλά στη συνέχεια εφαρμόστηκε και στους προσήλυτους από τον ειδωλολατρικό κόσμο που ασπάζονταν την Ιουδαϊκή θρησκεία. Σε κάποιες θρησκευτικές ομάδες, όπως οι Εσσαίοι, τα τελετουργικά λουτρά ήταν συχνά (και όχι εφάπαξ όπως σήμερα) και αποτελούσαν ένα στάδιο δοκιμασίας για να φανερωθεί η ειλικρίνεια του νεοφώτιστου, ενώ οι βαπτιζόμενοι βυθίζονταν μόνοι τους στο νερό (και όχι από κάποιον ιερωμένο).

Αντίθετα ο Ιωάννης ο Πρόδρομος (σύμφωνα με τις ευαγγελικές περιγραφές) εγκαινίασε νέες πρακτικές, που δεν ήταν αρεστές στο εβραϊκό κατεστημένο. Συγκεκριμένα, βάπτιζε ο ίδιος τους προσερχόμενους για να έχει προσωπική σχέση μαζί τους, το έκανε μόνο μια φορά για να δείξει τη μεγάλη σημασία και μοναδικότητα της μεταστροφής και δεν χρησιμοποιούσε τα λουτρά που βρίσκονταν στο Ναό του Σολομώντα αλλά αποκλειστικά τον ποταμό Ιορδάνη, που χώριζε την Ιουδαία από τη Σαμάρεια, στο σημείο όπου φέρεται ότι είχαν περάσει οι Εβραίοι για να γλυτώσουν από τους Αιγύπτιους.

Ας έλθουμε όμως τώρα στη βάπτιση του Ιησού. Αυτό που τραβάει αμέσως την προσοχή μας είναι η θέση που καταλαμβάνει στα τέσσερα ευαγγέλια. Θα μπορούσαμε να χωρίσουμε αδρομερώς τις διαφορές σε δύο ομάδες: τη μία συγκροτούν τα ευαγγέλια του Μάρκου και του Ιωάννη, όπου το περιστατικό ανοίγει τη διήγηση της εμφάνισης του Ιησού και βρίσκεται στο πρώτο κεφάλαιο. Από την άλλη, στα άλλα δύο ευαγγέλια η βάπτιση έχει ενταχθεί στο τρίτο κεφάλαιο, μετά τα γεγονότα της σύλληψης, του ευαγγελισμού και της γέννησης του Ιησού ή ακόμα και της γέννησης του Ιωάννη του Προδρόμου.

Άλλη εμφανής διαφορά είναι ο τρόπος με τον οποίον περιγράφεται η βάπτιση. Στα δύο πρώτα ευαγγέλια (Μάρκου και Ματθαίου) ο Ιησούς βαπτίζεται σαφώς από τον Ιωάννη τον Πρόδρομο, ενώ στα δύο άλλα είτε βαπτίζεται μόνος του, καθώς ο Πρόδρομος έχει φυλακιστεί από τον Ηρώδη (Λουκάς), είτε δεν ξεκαθαρίζεται τι ακριβώς συνέβη (Ιωάννης). Ο λόγος που στο ευαγγέλιο του Λουκά απουσιάζει ο Πρόδρομος είναι ότι, ήδη από το πρώτο κεφάλαιο, ο Ιησούς εμφανίζεται ως συγγενής του· άρα δεν θα μπορούσε να συστηθεί ως Μεσσίας από τον εξάδελφό του προφασιζόμενος ότι τον βλέπει για πρώτη φορά!  

Διαγράφεται επίσης μία σταδιακή εξιδανίκευση του γεγονότος: στο ευαγγέλιο του Μάρκου (που θεωρείται το παλιότερο), ο Ιησούς πηγαίνει και βαπτίζεται από τον Πρόδρομο στον Ιορδάνη χωρίς πολλές διατυπώσεις· σε αυτό του Ματθαίου, ο Πρόδρομος αρνείται να τον βαπτίσει θεωρώντας τον εαυτό του ανάξιο και πείθεται μόνο μετά από τις διαβεβαιώσεις του Ιησού ότι έτσι ήταν γραμμένο να γίνει· στο ευαγγέλιο του Ιωάννη (που θεωρείται το νεότερο), ο Πρόδρομος γνωρίζει ήδη τι πρόκειται να συμβεί (κατόπιν πληροφορίας από το Άγιο Πνεύμα) και αναλαμβάνει χωρίς δισταγμό τη βάπτιση του Ιησού.

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει και το περιστέρι που συμβολίζει το Άγιο Πνεύμα και κατεβαίνει από τον ουρανό τη στιγμή που ο Ιησούς βγαίνει από τον Ιορδάνη βαπτισμένος. Στα ευαγγέλια του Μάρκου και του Ματθαίου, μόνο ο Ιησούς βλέπει το περιστέρι να βγαίνει από τον ουρανό (που σκίζεται στα δύο ή ανοίγει) και να κατεβαίνει πάνω του, στο ευαγγέλιο του Λουκά η περιγραφή είναι ασαφής (αφήνοντας την εντύπωση ότι μπορεί να ήταν εμφανές και από άλλους), ενώ στο ευαγγέλιο του Ιωάννη το θέαμα γίνεται αντιληπτό μόνο από τον Ιωάννη, ο οποίος έχει ειδοποιηθεί νωρίτερα γι’ αυτό.

Αξιοσημείωτη διαφοροποίηση παρατηρείται στο περιεχόμενο της φωνής που ακούγεται από τον ουρανό μετά την εμφάνιση του περιστεριού. Στα ευαγγέλια του Μάρκου και του Λουκά, η φωνή (που προέρχεται από τον Θεό Πατέρα) απευθύνεται σε δεύτερο πρόσωπο στον Ιησού («εσύ είσαι ο αγαπητός γιος μου, σε σένα ευαρεστήθηκα»), στο κείμενο του Ματθαίου χρησιμοποιείται το τρίτο πρόσωπο σαν να απευθύνεται σε ακροατήριο («αυτός είναι ο αγαπητός γιος μου, στον οποίον ευαρεστήθηκα»), ενώ στο ευαγγέλιο του Ιωάννη δεν υπάρχει φωνή, παρά μόνο η διαβεβαίωση του βαπτιστή για τη θεϊκή φύση του Ιησού.

Πού μπορεί να οφείλονται οι ευδιάκριτες αυτές διαφορές; Μάλλον στη διαφορετική έμφαση που θέλει κάθε συγγραφέας να δώσει. Ο Μάρκος (που είναι ο πιο σύντομος) θέλει τον Ιησού να επικοινωνεί απευθείας με τον Πατέρα του μέσα σε μια μυστηριακή ατμόσφαιρα· ο Ματθαίος τονίζει τη διαφορά του θεϊκού με το ανθρώπινο μέσα από τον δισταγμό του βαπτιστή· ο Λουκάς φέρνει κοντά τους δύο άνδρες δημιουργώντας συνθήκες κοινωνικής ισότητας· ο Ιωάννης, τέλος, θέλει τον Ιησού να έχει πλήρη επίγνωση της αποστολής του, χωρίς να επηρεάζεται από τον περίγυρό του. Όπως και να έχει, το περιστατικό της βάπτισης του Ιησού παραμένει ακόμα μυστηριώδες και ελκυστικό.